Nakon primitka potpune projektne prijave od natjecatelja, BICRO najprije provjerava zadovoljava li projekt uvjete za sudjelovanje u Programu (provjera prihvatljivosti), a zatim provodi ocjenu kvalitete prijedloga.

Provjeru prihvatljivosti vrši IRCRO jedinica. Ako projektna prijava udovoljava kriterijima prihvatljivosti prosljeđuje se na evaluaciju neovisnim stručnjacima i BICRO-vom timu financijskih analitičara. Oni ocjenjuju sadržaj tj. kvalitetu projektnog prijedloga prema stupnju usklađenosti s kriterijima za odabir. Samo oni projekti koji su u velikoj mjeri u skladu s kriterijima za odabir bit će odabrani za financiranje. Konačnu odluku o financiranju projekta donosi Uprava BICRO-a.