Kriteriji za prihvaćanje i rangiranje projekata sastoje se od osnovnih i posebnih kriterija. Osnovni kriteriji definirani su Hannoverskom deklaracijom, temeljnim osnivačkim dokumentom inicijative, dok posebne kriterije utvrđuju Ministarstvo znanosti, obrazovanja i športa i Poslovno-inovacijski centar Hrvatske BICRO. Temelj za utvrđivanje posebnih kriterija su odrednice  strategija znanstvenog, tehnološkog i gospodarskog razvitka Republike Hrvatske.

Pretprijava projekta vrši se slanjem ispunjenog obrasca  EUREKA Project Form (naziva se i Application form). Nacionalnom koordinatoru projekata (NPC).

Na temelju Pretprijave projekt se interno ocjenjuje prema osnovnim kriterijima:

• partneri moraju biti iz najmanje dvije različite zemlje sa statusom punopravnog članstva

• projekt mora imati primjenu u civilnom sektoru

• projekt mora imati jasno izraženu tehnološku inovativnost

• projekt mora biti ekološki podoban

Posebni kriteriji za Hrvatsku:

• projekt se uklapa u nacionalne prioritete gospodarskog i tehnološkog razvoja

• projekt omogućuje proizvodnju u Republici Hrvatskoj

• projekt omogućuje ulaganja u Republiku Hrvatsku

• projekt omogućuje transfer tehnologije

• projekt otvara pristup vanjskim tržištima hrvatskom partneru

• projekt otvara nova radna mjesta

• projekt omogućuje značajnu referenciju hrvatskom partneru

Kod navedenih posebnih kriterija procjenjuje se:

• Kvaliteta menadžmenta

• Stupanj inovativnosti

• Komercijalni potencijal

• Konkurentska prednost