Projektne prijave koje su zadovoljile kriterije prihvatljivosti prosljeđuju se na evaluaciju neovisnim stručnjacima. Stručnjaci ocjenjuju sadržaj projekta prema stupnju usklađenosti s kriterijima za odabir. Istovremeno BICRO provodi financijsku i ekonomsku analizu projekta.

Proces evaluacije projekta traje 45-60 dana, nakon čega BICRO obavještava natjecatelja o ishodu evaluacije i daljnjem postupku.